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LDA EffectSize分析 (LEfSE)
【添加時(shí)間：2016-09-12 09:33:28】【來(lái)源：】【作者：dggadmin】
LEfSE分析可以實(shí)現(xiàn)多個(gè)分組之間的比較，還進(jìn)行分組比較的內(nèi)部進(jìn)行亞組比較分析，從而找到組間在豐度上有顯著差異的物種（即biomaker）。
LDA值分布柱狀圖展現(xiàn)不同組中豐度有顯著差異的物種，柱狀圖的長(zhǎng)度代表顯著差異物種的影響大小。進(jìn)化分支圖由內(nèi)至外輻射的圓圈代表了不同的分類級(jí)別(例如從界到屬)。每一個(gè)小圓圈代表該水平下的一個(gè)分類，小圓圈直徑大小與相對(duì)豐度大小呈正比。無(wú)顯著差異的物種統(tǒng)一著色為黃色，差異物種按分組顏色著色。
參考文獻(xiàn)：Segata N, Izard J, Waldron L, Gevers D, Miropolsky L et al. (2011) Metagenomic biomarker discovery and explanation. Genome Biol 12: R60.10.1186/gb-2011-12-6-r60 PubMed: 21702898.
LDA值分布柱狀圖展現(xiàn)不同組中豐度有顯著差異的物種，柱狀圖的長(zhǎng)度代表顯著差異物種的影響大小。進(jìn)化分支圖由內(nèi)至外輻射的圓圈代表了不同的分類級(jí)別(例如從界到屬)。每一個(gè)小圓圈代表該水平下的一個(gè)分類，小圓圈直徑大小與相對(duì)豐度大小呈正比。無(wú)顯著差異的物種統(tǒng)一著色為黃色，差異物種按分組顏色著色。
圖1 LDA值分布柱狀圖(A)和進(jìn)化分支圖(B)
圖2 LEfSE分析顯示不同分組之間的種群豐度差異（以Acidobacteria門為例）
參考文獻(xiàn)：Segata N, Izard J, Waldron L, Gevers D, Miropolsky L et al. (2011) Metagenomic biomarker discovery and explanation. Genome Biol 12: R60.10.1186/gb-2011-12-6-r60 PubMed: 21702898.
